In Hofkirchen befand sich der Herrenhof des Konrad von Safen, von wo die Besiedelung des ganzen späteren Pfarrgebietes von Kaindorf durchgeführt wurde. Die Gründe des um 1125 angelegten Herrenhofes waren sehr ausgedehnt und erstreckten sich über das Areal der heutigen KG Hofkirchen. Zum Gutshof gehörte die Eigenkirche St. Stephan.
Der erste Kirchenbau dürfte im romanischen Stil erfolgt sein. Das an der Eingangstür (nordostseitig) angebrachte Hufeisen soll der Sage nach zur Gründung der Kirche beigetragen haben. Eine andere Version besagt, dass verloren gegangene Pferde zur Gründung der Kirche geführt hätten. Die heutige Filialkirche der Pfarre Kaindorf wurde im 15. Jahrhundert im gotischen Stil erbaut, wobei die Fertigstellung um 1503 gewesen sein soll. Die Außenmauer wurde im Bruchsteinmauerwerk errichtet und nicht verputzt, dies dokumentieren auch noch die vorhandenen Gerüstlöcher. An der Westseite der Kirche wurde noch vor 1693 eine Kapelle zur Schmerzhaften Mutter errichtet. Das vorhandene Steinpflaster im Kirchenraum wurde im Jahre 1722 verlegt, der Sakristeianbau erfolgte in der Barockzeit um 1771. Als in der Josefphinischen Zeit jegliche Wallfahrten verboten wurden., hörte auch der Zustrom der Wallfahrten nach Hofkirchen auf. Im Jahre 1806 wurde sogar der Abbruch der gesamten Stefanskirche gefordert, doch konnte dies verhindert werden, da die Gemeinde Hofkirchen versicherte, in Hinkunft für die Erhaltung aufzukommen. Die kleine Marienkapelle verfiel aber zusehends und wurde 1834 gänzlich abgetragen. Heute befindet sich an dieser Stelle das Kriegerdenkmal. Der Dachreiter wurde 1878 in der heutigen Form aufgesetzt, wobei in der gotischen Zeit ein kleiner Dachreiter vorhanden gewesen sein soll. Renovierungen wurden 1834, 1883, 1958 und in den Jahren 1995 bis 2002 durchgeführt.